Das Collegium Oecumenicum ist eine Einrichtung des Evangelischen Waisenhausvereins München e.V. Der Evangelische Waisenhausverein wurde als gemeinnütziger Verein 1872 gegründet und arbeitet auf dem Gebiet der Jugendhilfe, Behindertenarbeit und Studierendenbetreuung. Seit dem Ausscheiden des Martin-Luther-Vereins Bayern ist der EWV alleiniger Träger des Collegium Oecumenicum.
Wichtigster Kooperationspartner ist die Evangelisch-Lutherische Kirche in Bayern (ELKB). Für die Landeskirche ist das Collegium Oecumenicum ein wichtiger Knotenpunkt ihrer ökumenischen Arbeit mit den Kirchen in aller Welt. Daher sind der Studienleiter und der Vorsitzende des Vorstands Pfarrer der ELKB. Das Collegium Oecumenicum erhält erhebliche finanzielle Unterstützung von der Landeskirche.
In enger Beziehung steht das Collegium mit der Ludwig-Maximilians-Universität, insbesondere der Evangelisch-theologischen Fakultät , aus deren Reihen der Ephorus des Collegiums bestimmt wird. Auch mit der katholisch-theologischen Fakultät, der orthodoxen Ausbildungseinrichtung der LMU sowie der Hochschule für Philosophie München besteht eine gute Zusammenarbeit.
Das Collegium Oecumenicum hat seit vielen Jahren vertragliche Beziehungen zu theologischen Hochschulen in den USA, Brasilien und Rumänien, die mittlerweile in die Austauschprogramme der LMU integriert sind. Partner sind hier die Lutheran School of Theology in Chicago, das Lutheran Theologcial Seminary in Philadelphia, das Lutheran Theological Seminary in Gettysburg, die Escola Superior de Teologia Sao Leopoldo sowie die evangelisch-theologische Fakultät in Hermannstadt (Sibiu). In Vorbereitung ist eine Partnerschaft mit dem Wartburg Theological Seminary in Dubuque, Iowa.
Für die internationale ökumenische Arbeit sind außerdem folgende Institutionen wichtige Partner: Mission EineWelt und die Augustana-Hochschule in Neuendettelsau, die Stipendiengeber von Lutherischem Weltbund, Diakonischem Werk und EKD sowie Martin-Luther-Bund, Martin-Luther-Verein und Gustav-Adolf-Werk.
Seit 1999 gibt es auch in Bamberg ein Collegium Oecumenicum, das aber sehr anders strukturiert ist und dessen Träger die Diakonie Neuendettelsau ist.